Die Meerneunaugen ziehen zum Laichen aus dem Meer in die Flüsse auf, jedoch nicht so weit wie das Flußneunauge. Hier werden die Eier paarweise in dazu angelegten Nestgruben gelegt. Nach der Fortpflanzung sterben die Elterntiere ab. Die nach einigen Wochen geschlüpften Larven (Querder) bleiben etwa 4 Jahre im Süßwasser und wandern dann nach der Umwandlung zum adulten Tier ins Meer ab.